KPAID Kota Yogyakarta bersama dengan Lintas OPD dan lembaga/instansi terkait perlindungan sosial anak menjalankan monitoring dan pengawasan terhadap LKSA (lembaga kesejahteraan sosial anak) dan PA (panti asuhan) di Kota Yogyakarta. Monitoring dan pengawasan ini merujuk pada Sistem Nasional Pengasuhan Anak (SNPA).